マイクラPEのAppStoreのレビュー、現在は低評価が割と多い状態になっています。
その多くが「アプリが落ちやすい」というものと「操作方法が変えられた」というもの。前者はもちろん開発側のミスですが(対処方法をこちらで紹介)、後者はむしろバグが直された結果です。
もちろん前の設定にすぐに戻すことができます。
確認する部分
オプションを開いてください。
オートジャンプを戻す

まず、自動でジャンプしたり水面を泳げなくなったとお嘆きの方はこちらの「オートジャンプ」の設定がオフになっていますので、オンにしてください。
カメラ操作を戻す

またカメラ操作が上下逆になったと頭を抱えられている方はこちらの「Y-軸変換」がオンになっていますので、オフにしてください。
これで直ったでしょう。
なぜアップデートで設定が変えられたのか
ここから先はただの解説なので、直すことができればスッキリという方は読まなくても構いません。
なぜアップデートしたら設定が変えられたのかと思われるかもしれませんが、それは違います。それぞれの設定は何も変えられていません。じゃあなんで操作が突然変わったのかと言うと、これはバグが直されたためです。
「オートジャンプ」「Y-軸変換」の設定はそれぞれ0.12.1から存在しましたが、オートジャンプは設定でオフにしてもオンのままに、Y-軸変換は設定でオフにしてもオンのままになってしまっていました。このバグが直されたので、アップデート時にそれぞれが機能するようになり、その途端操作が変わってしまったのです。
終わりに
この誤解を防ぐためには、アップデート時にオートジャンプはオンに、Y-軸変換はオフに自動的に変更していればよかったのです。そういう意味では開発側のミスとも言え、低評価になってしまったのは仕方がないことだとは言えますが…
操作が気に入らなければ、設定項目をもう一度全て見直すくらいのことはしたほうがよかったかもしれません。